Историю деревни Когува можно проследить с 1532 года, когда магистр Ливонского ордена Вальтер фон Плеттенберг пожаловал живущему в здешних краях крестьянину Ханске в лен вольный хутор. Хутор этот постепенно делили между собой наследники Ханске, вольные крестьяне Когува, и в конце XIX века хуторов в деревне было уже восемь. Ванатоа – один из самых старых исконных вольных хуторов. К 1645 году хутор Ханске разделился надвое.

К этому же времени относится и первое упоминание о Ванатоа, где хозяином тогда был некто Юрген. В 1693 году Ванатоа управлял его сын Вабанико Хансс, по имени которого в документах и в народе хутор назывался Хансо-Антсу. В ревизских сказках 1713–1756 годов хутор называется по имени его тогдашнего хозяина – Хансо Андрус. Следующим хозяином был Хансо Тынис. И было у него два сына: Адо (ок. 1730–1781) и Андрус (ок. 1741–1820). В последней четверти XVIII века хутор Ансту разделился на два. Адо выстроил новую усадьбу, которая сохранила за собой название Антсу, а его младшему брату достался бывший хутор Антсу, который стали называть Ванатоа. Оба хутора обозначены на карте земельных угодий 1802 года: хутор Антсу называется там Хансо Адо, а тот, который на месте нынешнего Ванатоа, – Хансо Андрус.

Хутор Ванатоа был на острове Муху одним из самых богатых. Так повелось со времен Яана Шмуула (1858–1939), который при строительстве дамбы между Муху и Сааремаа (1894–1896) был сначала десятником, а потом и субподрядчиком. Говорят, под его началом выстроено 400 саженей дамбы, это почти четверть от ее общей длины в 1642 сажени. В 1903 году, когда государство предложило провести работы по расширению порта Куйвасту, Яан Шмуул взял организацию этого строительства на себя.

Из дошедшей до нашего времени застройки старейшими являются расположенный напротив хутора Антсу деревянный амбар для снастей и примыкающий к ограде Пярди сенник. О былом достатке хутора говорят его постройки – расположенный напротив риги и горниц жилого дома, построенный в 1930-х годах из известняка амбар и того же времени, что и жилой дом, летний домик рядом с нынешними главными воротами. В амбарном доме было четыре помещения: спальные покои для летних работниц и летних работников, кладовая и гробовая. Под крышей находящегося рядом с воротами здания из булыжника разместились овин, баня, сушилка и летняя кухня. В начале коллективизации в здании находился электрогенератор, который давал свет деревне Когува. Сегодня из надворных построек больше нет находившегося рядом с воротами каретного сарая.

Как и все другие жители свободных хуторов Когува, в начале XIX века обитатели Ванатоа получили фамилию Шмуул (в старом написании иногда и Шмул). В 1794–1848 годах хозяином Ванатоа был Юри Шмул, но ни один из его трех сыновей до взрослых лет не дожил. Пришлось взять в помощники Андруса Шмухла (1809–1885), который был родом из Когува Андрусе. Он и стал хозяином после смерти старого Юри. Следующим хозяином был сын Андруса Михкель (1833–1909), потом сын Михкеля Яан Шмуул (1858–1939), далее сын Яана Яан Шммул (1884–1949). Сыновья последнего, Артур, Арнольд и Рудольф, во время войны бежали за границу. А Яана и его жену Ристе из Когува Лаазу депортировали в 1949 году. С тех пор и до 1962 года в усадьбе помещалась контора колхоза «Тормипоэг».

В 1970 году хутор был продан издательству «Валгус», работники которого многое сделали для того, чтобы сохранить постройки Ванатоа. После того как Эстония восстановила независимость, хутор вернули его законному владельцу Рудольфу Шмуулу (1921–2001), который сделал его туристическим. В 2007 году законные наследники Рудольфа Шмуула продали хутор Ванатоа вместе с принадлежащими ему угодьями новому владельцу.

Сегодня хутор Ванатоа охраняет здесь исторические ценности, а фирма OÜ Vanatoa Turismitalu занимается развитием туризма.